تسيطر قوى الظلام على مدينة نيويورك بقيادة (شريدر) وعصابته الذين يتحكمون في كل شيء، بدءًا من الشرطة ونهاية بالسياسيين الفاسدين، ويبدو المستقبل مظلمًا حتي يهل اليوم الذي ينهض فيه الأبطال الأربعة (رفاييل، ومايكل أنجلو، وليوناردو، ودوناتيلو) من شبكة المجاري من أجل التصدي للخطر المحدق، وتقف سلاحف النينجا ومعها المعلم (سبلينتر) ومذيعة الأخبار (أبريل) في وجه قوى الشر من أجل إنقاذ المدينة.